Así como la Provincia de Misiones adoptó para la enseña provincial los colores de la Liga Federal de los Pueblos Libres, grupo de provincias (Banda Oriental, -hoy  República  Oriental del Uruguay–, Entre Ríos, Santa Fe, Córdoba, Corrientes y Misiones) gobernadas en su conjunto por José Gervasio Artigas, la cual representa en sus colores el Federalismo (rojo), la argentinidad (Azul) y la paz y libertad (blanco), así también, Apóstoles adoptó como bandera la que Andrés Guaçurarí y Artigas designó en su momento para Misiones cuando él era Gobernador y Comandante General de esta provincia.

Se sabe que cada provincia integrante tenía su propia bandera, y Misiones no era la excepción, y a su vez, todas estaban bajo el pabellón principal de la Liga Federal.  Es así que, los colores de aquella bandera misionera significaban: Federalismo y la sangre derramada por los valientes misioneros en las luchas por la libertad (rojo), la espesura selvática de la Patria misionera y Guaraní (verde), y la Libertad y la Paz (blanco).

Esta bandera, hoy apostoleña, suma nuevos significados a los ya existentes en sus colores: tierra colorada, lugar de trabajo y crisol étnico (rojo), yerba mate, ambiente ecológico y sano (verde), y esperanza, tolerancia, dignidad y vida (blanco).